Belajar CPCe dan menyimpan data untuk R


Pertama-tama saya ucapkan terima kasih kepada Bapak Kris Handoko yang telah meng-upload tutorial video untuk melakukan analisis dengan menggunakan program CPCe, kemudian terima kasih kepada Aini dan Mas Ludi atas kiriman tutorial CPCe nya secara tertulis.

Bagi anak kelautan kebanyakan mungkin sudah sangat familiar dengan yang namanya CPCe. CPCe adalah singkatan dari Coral Point Count with Excel extensions. Program ini merupakan open source sifatnya, sehingga siapapun bisa mengundah dan menginstall program ini di komputer pribadinya masing-masing. Program ini dikembangkan oleh NSU (Nova Southeastern University) (lengkapnya bisa dilihat disini).

Singkat cerita karena saya adalah anak perikanan dulunya S1 nya (tidak begitu kelautan, walaupun 85% yang saya kerjakan juga dalam bidang tersebut bercampur dengan bidang sosial masyarakat dan peta), sehingga saya belum pernah menggunakan program CPCe ini untuk kegiatan PKL (praktek kerja lapang) ataupun skripsi saya. Sekarang, saya lebih memiliki kecenderungan untuk belajar lebih tentang ekologi kelautan (juga perikanan nantinya), sehingga mayor tesis saya pun akhirnya bergelut dalam bidang tersebut. Alhamdulillah dari mayor tesis saya bisa belajar hal baru, mulai dari persiapan kegiatan lapang (fieldwork), input data, analisa data hingga entrepetasi data. Patut digaris-bawahi adalah saya telah mencapai learning goal saya secara pribadi yakni bisa menjalankan dan mengerti sebagai user program R untuk mengola data.

Kali ini saya ingin berbagi bagi kawan-kawan yang sudah sangat akrab dengan CPCe, bahwasanya katanya hasil akhir dari CPCe adalah nilai atau perhitungan yang dapat secara otomatis dilakukan oleh program yakni mencakup presentasi tutupan transek yang telah dilakukan hingga nilai indeks diversitas. Namun ternyata jika analisa akan kita lakukan di R, maka kawan-kawan akan membuat excel file dengan format datanya sendiri.

Misalkan kawan-kawan memiliki dua stasiun dengan jumlah masing-masing stasiun ada 3 transek, setiap transek memiliki  4 kuadran di kedalaman yang berbeda (misalkan 1m, 2m, 3m, dan 4m) atau 4 foto, dan setiap foto akan ada 30 poin yang secara acak ditentukan oleh program CPCe. Sehingga jumlah total foto atau kuadran yang akan kawan-kawan analisa dengan CPCe 4 foto dikali dengan 4 kuadran dikali dengan 2 stasiun, sehingga totalnya ada 32 foto dan 32 foto dikalikan dengan 30 titik, totalnya adalah 960 titik. Lalu, untuk jenis species nya tergantung sesuai kebutuhan dan keahlian (bisa hingga tingkat species ataupun hanya tingkat group saja).

Nah, kemudian di excel file yang kawan-kawan akan gunakan untuk R isinya mengikuti keterangan tersebut. Contohnya, kolom pertama: random point (no ataupun huruf abjad 1:29, karena jumlahnya 30 titik), kolom kedua: species (jenis species/group), kolom ketiga: nama stasiun (1 dan 2, misalkan karena dua stasiun, ini juga tergantung kawan-kawan ingin kasih nama apa, yang penting mudah diingat), kolom ketiga: transek keberapa (1,2,3 dalam hal ini misalkan ada 3 transek), kolom keempat: kuadran (1, 2, 3, 4 : dalam hal ini kuadran nya berada di kuadran berapa). Setelah ini untuk row nya bisa di isi dengan data kawan-kawan (untuk saat ini saya belum bisa memberikan contohnya: akan saya upload nanti).

Sehingga penggunaan CPCe hanya digunakan sebagai langkah dalam menganalisa data tingkat awal, untuk lanjutannya file excel kawan-kawan yang sudah berisi data dari hasil CPCe akan diola lebih lanjut ke dalam R program. Terkait dengan R program bisa baca posting sebelumnya disini.
Sekian ringkasan belajar program baru malam ini!!! Semangat untuk meeting besok dengan Ibu Jenderal dan Menteri! 😀

Wageningen, 30 Maret 2017, 12.04am

Be Sociable, Share!

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *