Perkenalan R dan perhitungan ekologi/biologi: kelimpahan, diversitas dan evenness #2

Saya sudah sedikit memaparkan mengenai cara download R dan R  Studio dan sudah sedikit menjeleskan mengenai format data yang bisa dibaca oleh R. Selanjutnya adalah sesuai dengan judul dari tulisan ini.

Bagi kawan-kawan semua untuk menghitung abundance, diversity dan evenness. Berikut beberapa kalimat yang bisa saya berikan. Pertama, untuk menghitung abundance, yakni total keseluruhan individual yang kawan-kawan temukan ketika sampling. Namun, jika dimensi yang dimiliki 1000, tentulah sangat repot menghitungnya, dengan menggunakan program R maka untuk menghitung jumlah keseluruhan dari data yang kita miliki cukup dengan command “sum(data)” maka di layar console kita akan tertera angka yang menunjukkan jumlah keseluruhannya. Jika kita mau menghitung jumlah kolom cukup berikan command: “colSums(data)” dan untuk menghitung row commandnya yakni: “rowSums(data)”. Maka kawan-kawan mungkin yang baru berkenalan dengan R seperti saya, sangat kagum dengan program ini, betapa belum satu kedipanpun hasil sudah diketahui, super sekali manusia yang mampu memikirkan ini, yang mampu membuat alat untuk mempermudah manusia penggunannya.

Selanjutnya untuk menghitung diversity, kawan-kawan tidak usah khawatir akan menghitung secara manual, menggunakan excel atau menggunakan program-program lainnya, karena R menyediakan hal ini juga. Akan tetapi sebelumnya, saya ingin menjelaskan bahwasanya R dilengkapi dengan beberapa package, yang mana package tersebut berisi beberapa script atau penjelasan-penjelasan sesuai dengan fungsinya, misalnya paket “iNEXT” yang baru diluncurkan oleh  Hsieh et al (2016), sebuah paket yang menjelaskan tentang penggunakan metode dalam ekologi dan evolusi. Dalam paket ini menjelaskan tentang rarefaction and extrapolation of species diversity dengan menggunakan prinsip Hill numbers. Paket ini dapat kita gunakan jika jumlah species yang kita dapatkan sewaktu melakukan sampling tidak mencapai asymptote curve. Lebih lengkap mengenai paket ini bisa dibaca disini.

Bagaimana kita tahu apakah sampling sites yang sudah kita lakukan telah mencapai asymptote curve? Langkahnya yakni kawan-kawan terlebih dahulu menginstall package lainnya yang sangat umum digunakan oleh seorang ecologist yakni “vegan” package, bisa di download disini, diterbitkan oleh Oksanen et al (2017). Setelah mengunduh manual “vegan” kawan-kawan kemudian bisa menginstall paket yang dibutuhkan seperti gambar berikut:

Setelah klik install, maka kawan-kawan bisa mencari paket yang diinginkan dengan mengetikkan nama paket yang diinginkan seperti “vegan” atau “iNEXT”. Selanjutnya jika paket yang dibutuhkan sudah terinstall sekarang saatnya memanggil paket tersebut agar siap kita gunakan:

data(BCI) ##data yang tersedia secara otomatis dalam R/paket
library(vegan) ##memanggil paket vegan agar siap difungsikan
div<-diversity(BCI) ##menghitung diversity pada data BCI
div ##maka kawan-kawan akan mendapatkan data atau hasil perhitungan diversity dalam setiap sampling sites yang ada

Tentunya diversity juga bisa bermacam-macam indeksnya, ada Shannon-Wiener, Margalef, Simpson, dan lain sebagainya. Nah ini tentunya tergantung kawan-kawan mau menggunakan atau memerlukan yang mana. Selanjutkan untuk menghitung evenness dengan:

J <- div/log(specnumber(BCI))  ##ini adalah perhitungan Pielou’s evenness
J ##kawan-kawan akan mendapatkan nilai perhitungannya

Selanjutnya bisa dibaca lengkap disini, penjelasan tentang diversity dalam paket vegan.

Hal penting yang mungkin bisa saya sampaikan juga kepada kawan-kawan pembaca, ketika saya sangat-sangat panik untuk bisa belajar R dengan bertanya kesana kemari keorang ini dan itu, tapi yakinlah tak ada yang bisa membantu kawan-kawan dalam mengerti program R jika kawan-kawan tidak mencobanya sendiri, dalam buku Numerical Ecology with R, Borcard et al, menyampaikan bahwa kita tidak akan bisa mengerti kecuali kita mencobanya “hands on”. Selamat mencoba kawan!

Be Sociable, Share!

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *