Perkenalan R dan perhitungan ekologi/biologi: kelimpahan, diversitas dan evenness

Bagi kawan-kawan semua yang bekerja di bidang ekologi atau biologi pada umumnya tentunya sudah tidak asing dengan istilah divesity, abundance dan evenness. Tiga perhitungan ini sangat umum dilakukan untuk melihat data keanekaragaman hayati. Keterangan dibawah ini tentunya bukan merupakan sesuatu yang bersifat expert namun cenderung umum. Jika data yang dimiliki kawan-kawan adalah masih dalam hitungan puluhan mungkin masih bisa dilakukan secara manual dan menggunakan program perhitungan excel biasa. Namun jika data teman-teman sudah bersifat dimensi data dengan misalkan lebih dari 20 sites dan memiliki jumlah sampel atau jenis species misalnya 50 maka akan sangatlah repot jika kita melakukannya secara manual ataupun excel satu persatu, karena dimensi yang akan kita hitung yakni 20 dikalikan 50 yang artinya adalah 1000 kali. Big NO, right?

Maka dari itu berikut tutorial bagi kawan-kawan yang ingin menghitung diversity, abundance dan evenness dengan menggunakan program R. Program R mungkin tidak banyak digunakan di Indonesia kecuali bagi anak-anak komputer sains, bioinformatika atau matematika (statistik). Disisi lain, kawan-kawan dengan jurusan ilmu-ilmu sains pada umumnya, seperti biologi atau sains terapan seperti pertanian, perikanan dan kelautan sangatlah jarang ada yang akrab dengan R.

R adalah program statistik yang berbasis dengan bahasa command atau script yang biasanya kita buat sendiri sesuai dengan kebutuhan. Layaknya SPSS yang memiliki fungsi statistikal dalam program, maka R juga demikian. Mungkin ada yang kenal dengan MATLAB? Nah, R juga hampir sama dengan MATLAB cara penggunaannya. Namun tentulah fitur-fitur yang dimiliki sedikit banyak berbeda. Bagi kawan-kawan yang belum mengenal R bisa mengunjungi websitenya disini.  Kawan-kawan bisa mendownload R dari website tersebut, tidak usah khawatir bagi yang menggunakan program R, program ini adalah program HALAL karena sifatnya yang open source alias semua orang bisa pakai. Beda hal nya dengan SPSS atau MATLAB yang setahu saya berbayar, kecuali bagi kawan-kawan yang sedikit “bandel” menggunakan crack. Selanjutnya, setelah kawan-kawan mendownload program R, ada baiknya kawan-kawan juga mendownload R Studio yang membantu tampilan/layar kerja lebih bersahabat.

Saya harapankan sampai disini, kawan-kawan sudah menginstall R dan R Studio ke dalam komputernya. Langkah berikutnya adalah memahami format data seperti apa yang bisa dibaca oleh R. Simpelnya sama seperti format misal lagu, pada umumnya format mp3 atau mp4 untuk bisa di play dalam aplikasi musik. R juga demikian, untuk bisa dibaca dalam R format data yang harus kawan-kawan pakai yakni berformat .csv atau txt. Pengalaman saya, saya menggunakan format csv, caranya jika data kawan-kawan sudah terekapitulasi dalam excel sheet maka kawan-kawan hanya perlu menyimpan file tersebut save as kemudian pilih format csv. Ini adalah tampilan utama ketika kawan-kawan membuka program R Studio

…. masih berniat membaca??? bersambung disini

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *